При получении пдфа парсиш его в хтмл и отдаешь на просмотр, на скачивание оставляешь пдф. Чтобы меньше нагрузки было, можно использовать отложенную инициализацию

защитить от скачивания не получится.
Показывать pdf можно через flash или через пока довольно глючный pdf.js от Mozilla, работать с плагинами довольно глуповато. 90% пользователей пошлют твой сайт нх.

да мне не надо защитить, мне надо принудительно отобразить, чтобы можно было комментировать просматривая при этом саму газету )

Не вижу смысла передавать на парсировку жсу. (Пдф->арбуз->хтмл->арбуз)*каждого просматривающего. Можно пдф->хтмл->арбуз

Один раз отпарсил у себя и сэкономил кучу времени клиентам. Ну да ладно. Автор наверно не выбирал формат, работает с тем, что есть