Столкнулся со следующими проблемами: некоторые программы загружаются с ошибкой, если их поставить в автозагрузку, плюс некоторые программы сами создают неправильные ярлыки для автозагрузки (особенно portable софт) либо создают их в папке атозагрузки только текущего пользователя. Да и вообще у меня создаётся впечатление, что комп слегка перегружается при стандартном автозапуске программ. К тому же при переустановке системы тоже возникают проблемы с ярлыками автозагрузки...
Для решения этих проблем я написал программу для поочерёдного запуска программ, прописанных в её конфиге Autorun.cfg. Также можно задать задержку. Возможно придумать и другие применения программе.
Формат конфига
Каждая строка - путь до исполняемого файла либо относительно папки, родительской папке данной программы, либо абсолютный.
После пути за знаком > можно задать задержку после открытия в секундах. Ниже два примера:
C:\Program Files\prog\prog.exe>3
prog\prog.exe>2
допускаются комментарии со знака решетки в начале строки

Программа весит целых 20кб и написана мною на С . Исходники прилагаются.
Установка
Копируем папку Autorun в папку с программами и прописываем пути в файле Autorun.cfg. Кидаем ярлык на Autorun.exe в C:\Documents and Settings\All Users\Главное меню\Программы\Автозагрузка
Совместимость
win xp, vista, seven