Переустанавливал Windows, а точнее обновлял с диска с SP2 до SP3. При копировании файлов не хотели копироваться 2 файла autofmt.exe и conime.exe я их пропустил. Теперь вопросы: Что это за файлы и как влияет их отсуствие на систему в целом и можно ли их как то востановить, к примеру где то взяв просто скопировав в ту директорию где они должны были находится?

Файлов не хватает==плохо.
У меня не работала винда из-за этого.

conime.exe
"Это процесс для управления вводом данных с клавиатуры в консоли"

Забей, в этой системе столько файлов, но ей всегда что-то не хватает.